两共基金由谁收？
按照国际经验，“两共”基金的收取有两种方式，一种是由政府以税收形式直接划拨至社会保险基金会，基金会的收支全部列入政府预算；另一种是政府直接将社保资金投资于公共事业，收益归入财政收入。 目前我国采用第一种形式，即通过税收形式，从企业和个人所得中收取“两共”费用，纳入国家预算。1994年实施的《中华人民共和国个人所得税法》明确将保险赔款、存款利息和国债利息收入等纳入免税项目，2006年开始试行储蓄存款税制改革后，又将其中的存款利息收入部分纳入税收范围。
目前，我国已经建立了城镇职工基本养老保险制度、新型农村社会养老保险制度和城镇居民基本医疗保险制度，这三项制度的实施，为建立“两共”基金提供了重要的法律和制度基础。 现行财税体制下，企业和个人的“两共”缴费一般分为两个环节征收：首先，由税务机关征收社会保险费和住房公积金；然后，由财政部门负责拨付给经办机构（基金管理机构），具体经办由人社部门负责。
在目前的财政管理体制下，地方财政一般仅留有多余收入的一定比例作为风险基金，其余大部分都上交中央财政。对于地方财政来说，虽然从预算的科目上能够看到社会保险和公积金支出，但实际资金却是由中央统管，地方无法自主支配。尽管各地社会平均工资水平有高有低，但个人缴费基数和用人单位缴纳费基数的上限却不允许超过当地上年度在岗职工月平均工资的300%，这就在很大程度上限制了地区之间用于支付养老金和医保金的资金规模的差距。