乙方如何回购甲方股份？
从问题描述上看，这个乙方应该不是指的投资机构、财务顾问之类的机构，而是指的投资人（股东）。 这个问题的本质是“小股东”如何维护自己的权益——因为大股东（实际控制人）在事实上已经侵犯了中小股东的利益了。 所以，这个问题本质上还是股东与股东之间由于信息不对称引起的利益冲突问题。 出现这种情况，一般是有合法合规的依据的，例如公司章程中会有相关条款，可能还经过董事会、股东会等正式程序通过。
当然，如果这些依据只是大股东单方面意思表示，明显侵犯中小股东利益的，那么就是另外一回事了。 在这种情况下，中小股东可以通过多种途径进行维权。 比较间接的一种方式就是董事会诉讼。 根据公司法相关规定，董事会对股东大会负责并报告工作；执行股东大会的决议；决定公司的经营计划和投资方案等等。所以，可以理解为董事会作为股东大会的执行机构，对股东大会负责。在特定情形下，董事长和董事会有可能会作为代表股东对公司及其他股东提起诉讼。
实践中较少见。 较为直接的一种方式是诉请解散公司。 《公司法》第183条规定，公司经营管理发生严重困难，继续存续会使股东利益受到重大损失，通过其他途径不能解决的，持有公司全部股东表决权百分之十以上的股东，可以请求人民法院解散公司。 当股东与股东之间无法通过正常途径解决分歧的时候，可以寻求司法救济，即向法院提出解散公司的诉讼请求。